MBR中空纤维膜的化学清洗的流程大概是这样：配制合适的化学清洗剂、将化学清洗剂与清洗液进水充分的混和、将混合了化学清洗剂和清洗液的溶液倒入MBR中空纤维膜、用清水将化学清洗的残余物质都清洗到。其化学清洗的方式主要分为维护性清洗、恢复性清洗和离线清洗。
一、维护性清洗
维护性清洗的目的在于，对其MBR中空纤维膜表面以及孔隙内的污染物质出去，控制粘结层的增厚以及膜间压差的上升，保证系统的运行稳定。维护性清洗保持一周一次的频率即可，如果污染情况比较严重，就需要提高频率。
二、恢复性清洗
每三个月或抽吸压超过设定值时就需要进行恢复性清洗，恢复性清洗的目的是恢复MBR中空纤维膜的通量，让膜间压差恢复到初期值的状态。使用NaClO清洗过后，如果膜间压差海水比较高，就需要分析是否是无机物造成的污堵。如果是无机物造成的污堵，需要采用酸药剂，比如1%草酸、1%柠檬酸等进行清洗。
三、离线清洗
离线清洗即浸没清洗。当恢复性清洗无法让膜间压差恢复时，又或者是机器设备的故障导致膜间附着了许多的污泥，就需要把MBR中空纤维膜组件整体浸泡在药剂里面，将其造成污堵的物质去除，使其膜间压差恢复到初期值的状态。采用离线清洗能够非常有效地去除MBR中空纤维膜里面的污染物质。
四、处理清洗过后的余氯
余氯会让MBR中空纤维膜产生氧化，还会影响产水的水质，因此无论采用何种清洗方式，去除余氯都是重中之重的事情。应该使用产品水对MBR中空纤维膜进行冲洗，将其余氯一并冲洗出去。防止余氯对MBR中空纤维膜造成可能的伤害。
对MBR中空纤维膜进行化学清洗，能够很好地去除膜表面及其中空纤维膜丝孔隙里面的污染物质，能使其膜通量尽快恢复。在进行化学清洗时，需要注意配制的药剂pH值不能超过其耐受pH值的范围。
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